医院拥有42个临床科室、9个医技科室和38个护理单元，国家临床重点专科2个、国家中医药管理局重点专科5个、国家级名老中医药专家传承建设项目5个，浙江省国医名师传承工作室1个，浙江省名老中医传承建设项目4个，浙江省名中医工作室3个，浙江省中医药重点专科4个、浙江省中医药重点学科1个,杭州市重点学科10个（高峰学科2个）。

医院传染病科、风湿病科、中医妇科、针灸科、内分泌科、儿科、呼吸科、胸外科、骨科、疼痛科等学科在全市乃至全省颇具影响力。

2023年7月，浙江省中西医结合医院与玉环市人民政府签订医疗合作协议，成立浙江省中西医结合医院玉环分院。

今年，医院结核病学荣登由中国医学科学院发布的2022年度中国医院科技量值榜第12位， 2018-2022五年总科技量值排名第15位。

医院是国家传染病医学中心共建临床研究基地、国家感染性疾病临床医学研究中心省级联盟单位、浙江省结核病诊疗中心、浙江省结核病质控中心，是浙江省结核病专科联盟的牵头单位、长三角肺科联盟的联合发起单位。同时承担市级中医骨伤、中医肺病、中医脾胃病、麻醉、中医护理等质控中心的建设工作。

医院核定床位1000张，医院在职职工1617人，其中高级职称348名，博士学位33名，硕士学位388名，硕博导53名；拥有浙江省国医名师1名，省级名中医6名，市级名中医11名，省级青年名中医1名，市级青年名中医5名，全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师3名，国家级各类中医类人才培养对象8名；浙江省卫生创新人才培养对象2名，浙江省“151”人才、杭州市“131”人才、市医坛新秀、市级各类高层次人才40余名，兼职教授、副教授49名。近年来医院先后承担国家自然科学基金项目、省自然科学基金项目、省公益技术研究项目、省医药卫生科技计划项目、省中医药科技计划项目等科研项目300余项，获省市级科技奖项30余项。

2019年全国三级公立医院绩效考核中位列中西医结合序列全国第三名，全省第一名，监测指标等级A+，是全省首家顺利通过新一轮浙江省三级甲等复评的中西医结合医院。