1997年开展嘉兴市首例动脉溶栓，2011年开始进行急性缺血性脑卒中静脉溶栓治疗，目前静脉溶栓治疗的数量和治疗逐年上升，2025年度共静脉溶栓316例，脑梗死患者静脉溶栓率上升至15%。患者从到院到用药时间（DNT）中位数缩短至35分钟，DNT≤60分钟的患者占84.5%。2018年9月开始急性缺血性脑卒中颅内大血管闭塞血管内治疗，包括动脉取栓术、血管内抽吸术等，2025年完成96例。2020年11月医院成为“国家高级卒中中心建设单位”，2021年5月被授予国家级“高级卒中中心”称号。

2018年10月29日，神经内科依托医联体举行了“嘉兴一院头晕诊治医联体联盟”成立大会，切实担负起建立头晕疾病分级转诊体系、线上线下会诊体系，招收联盟内单位专技人员的进修学习，撰写头晕疾病的培训和宣教手册，定期至合作单位讲课、举办培训班，开展头晕疾病科研工作，建立专科联盟学术论坛等职责。作为联盟负责人，科主任胡进在2020年度参加编写《头晕与眩晕经典病例精解》，主持头晕相关国家级及省级继续教育班。2021年联合多学科成立眩晕专病诊治中心，同时主持2项眩晕疾病相关科研计划，发表眩晕疾病论文10余篇，参与发布专家共识1项。

2021年10月，医院顺利通过国家二级癫痫中心评审。目前科室有从事癫痫亚专科的医师4名，癫痫中心负责人为许俊杰副主任医师，另有2名副主任医师，1名主治医师，其中3人为硕士。2016年5月科室设立独立的癫痫专病门诊。目前有独立的脑电图室、神经电生理检查室，共有脑电图医师4名。病区内有1套移动视频脑电监护系统。目前中心可常年开展常规脑电图、动态脑电图、视频脑电图检查。此外儿科也有专职小儿神经科医师，神经外科可进行病灶相关癫痫患者的癫痫病灶切除术。影像科配置有CT、1.5T MRI、3.0TMRI，并已引进PET-CT。检验科可进行丙戊酸钠、卡马西平、苯妥英钠、拉莫三嗪、左乙拉西坦、奥卡西平等常用的抗癫痫药物浓度测定。医院有独立的心理卫生科，可满足癫痫患者的神经心理评估。

在头痛、记忆障碍、周围神经病、神经系统感染、重症肌无力、运动障碍性疾病、神经系统变性病、神经心理疾病、睡眠障碍、神经影像、神经电生理等诸多方面，有鲜明特色及优势。