医院是首批国家住院医师规范化培训基地，拥有29个专业基地。妇产科、儿科、全科、内科、急诊科、康复医学科、外科、口腔全科是国家住院医师规范化培训重点专业基地；全科是全国“优秀全科专业基地”，外科（泌尿外科方向）、急诊科及外科（胸心外科方向）是国家住院医师规范化培训骨干师资培训基地，内科是安徽省首批“住院医师规范化培训示范基地”，内科、妇产科、全科、康复医学科、口腔是安徽省住院医师规范化培训专业质控控制组组长单位，承担全科、内科、妇产科、康复医学科、重症医学科、口腔等专业安徽省住院医师规范化培训结业临床实践能力考核工作。内科专业获安徽省首届住院医师规范化培训临床技能竞赛一等奖，儿科、外科专业分别在中国毕业后医学教育联盟首届、第三届住院医师规范化培训竞赛中获二等奖，全科专业在全国首届、第二届、第三届全科住院医师规范化培训教学查房竞赛、教学门诊技能竞赛获奖，住院医师规范化培训首次结业考核通过率始终居全省前列。2019年试点实施住院医师规范化培训“三证合一”制度，在自愿申报的前提下，住院医师在完成安徽医科大学同等学力学位规定申请要求事项后，可于住院医师规范化培训结业后申请专业硕士学位。

医院是国家专科医师规范化培训制度试点基地，拥有心血管病学、呼吸与危重症医学、内科危重症医学、内科老年医学、新生儿围产期医学、普通外科学、外科危重症医学、儿科麻醉学等8个专科基地，培训教学软硬件条件水平处于省内领先水平。

医院贯彻落实住院医师规范化培训“两个同等对待”政策，即：面向社会招收的普通高校应届毕业生培训对象培训合格当年在医疗卫生机构就业的，在招聘、派遣、落户等方面，按当年应届毕业生同等对待。对经住培合格的本科学历临床医师，在人员招聘、职称晋升、岗位聘用、薪酬待遇等方面，与临床医学、中医专业学位硕士研究生同等对待。